A primeras horas del 8 de octubre, el U-47 zarpó de la base naval de Kiel, situada en la costa báltica de Alemania, y se deslizó lentamente por el canal de Kiel en dirección al Mar del Norte.

Prien
Los miembros de la tripulación ignoraban la naturaleza de su misión, pero las sospechas de que se trataba de algo gordo no tardaron en aflorar cuando el submarino avistó una columna de humo en el horizonte y Prien ordenó sumergirse sin ni siquiera investigarla. No lejos de las Orcadas, estando el U-47 recargando baterías y renovando la provisión de aire comprimido, comunicó Prien el objetivo de la misión a su primer oficial de guardia, Engelbert Endrass. “Agárrese a algo, Endrass –le dijo- vamos a Scapa Flow”.