El 22 de junio de 1941 la Wehrmacht cruzó la frontera germano soviética, empezando así la campaña más cruenta y dura de la Segunda Guerra Mundial. Al noroeste, Lituania se convirtió de inmediato en escenario de guerra. Nada más iniciarse el avance de las divisiones germanas, las guerrillas de la LAF iniciaron una guerrilla contra el Ejército Rojo que llegó a movilizar a unos 100 000 combatientes, de los que 4000 perderían la vida. Solo cinco días necesitaron los rusos para abandonar el país, donde los alemanes instalaron una administración militar provisional.
Los pogromos empezaron incluso antes. Tras las tropas llegaron los Einsatzgruppen, y estos no tardaron en encontrar voluntarios que les ayudaran a masacrar a la minoría judía del país. Al antisemitismo se unía el hecho de que los judíos, conocedores de lo que estaba pasando en Alemania, se habían decantado siempre a favor de la tiranía soviética como mal menor, y dada la represión que esta había ejercido sobre la población lituana, parecía que había llegado la hora de la venganza. La cifra de muertos causada por la primera campaña “espontánea”, en realidad había sido orquestada por los propios invasores, fue de 6000. A finales de 1941 los ocupantes declararían que el país estaba “libre de judíos”. La campaña se había cobrado 220 000 vidas.
Entretanto, la administración alemana pasó de las instancias militares a las civiles. Adrian von Renteln, nueva cabeza visible del mando germano en el país, decidió apoyarse en parte en una administración lituana, el Consejo General Lituano, encabezada por el general Petras Kubiliunas, aunque nunca hubo verdadera intención de conceder algún tipo de independencia al país, ni tan siquiera limitada. Los lituanos no tardaron en darse cuenta de esto, pues no solo los alemanes se negaron a atender todas y cada una de sus demandas y a boicotear las actividades de su amago de Gobierno (que ni tan siquiera tenía un sistema de comunicaciones propio), sino que el propio Skirpa, creador del LAF, fue sometido a arresto domiciliario en Berlín, las unidades de partisanos anticomunistas fueron disueltas poco después, salvo unas pocas que fueron enroladas en las SS como unidades de policía auxiliar, y al final tanto el LAF como el partido de los lobos de hierro fueron ilegalizados. El motivo último de esto es que en el plan alemán para la invasión del este los lituanos eran considerados como “la más inferior de las razas bálticas”, y su destino era ser expulsados para que el país fuera colonizado por alemanes.
Sin embargo, desde el invierno de 1941 los alemanes empezaron a darse cuenta de que la campaña no iba a ser el paseo militar que se esperaban, y empezaron recursos, especialmente humanos, incluso entre los “bálticos inferiores” de Lituania. A primeros de 1942, las unidades de la policía auxiliar fueron concentradas en quince batallones de Schutzmannschaft que, dado que Lituania se encontraba lejos del frente, fueron desplegados fuera del país, sobre todo en Polonia, en Bielorrusia y en el norte de Ucrania. La misión de aquellos 16 000 hombres, empero, no iba a ser cazar guerrilleros (salvo los polacos, en la zona fronteriza en disputa entre ambos países), sino masacrar judíos, al menos al principio, pues al desarrollarse el movimiento partisano cada vez fueron más necesarios en acciones contra estos.
En estas condiciones, no es extraño que los oficiales del antiguo Ejército lituano empezaran a pensar en crear unas nuevas fuerzas armadas, pero siguieron encontrándose con la negativa de los alemanes, que además decidieron reasentar a los 30 000 germanos étnicos que habían abandonado el país durante la dominación soviética. Correspondientemente, cuando a primeros de 1943 los alemanes pidieron al Consejo General Lituano que firmara una proclamación animando a sus conciudadanos a que se enrolaran en las SS, sus miembros se negaron y solo el general Kubiliunas firmó algo, un documento que animaba a los lituanos a unirse a Alemania en la lucha contra el bolchevismo. La falta de concesiones por la parte alemana convirtió la iniciativa en un fiasco. La resistencia pasiva boicoteó el reclutamiento, y al final solo comparecieron un 20% de los llamados a filas.
Sabía que los lituanos eran de los que menos tropas bálticas había aportado a las SS pero no sabía porqué. Así que eran los bálticos que más inferiores consideraban los alemanes. ¿Por qué? ?Por ser católicos? Desde luego los alemanes tienen una increíble capacidad para hacer amigos allí donde van.